Buenas.
Es muy extraño lo que comentas desde luego, entonces te recomiendo lo siguiente, pasa un antivirus como primera medida, aunque no tengas conexion a la red.. ha podido llegar por otra via. Luego abre una consola (un cmd o un emulador d ms-dos, como lo quieras llamar) y escribe: at y enter, deberia salirte que no hay entradas en la lista. Esto es por si hubiera una tarea programada para ejecutar el asistente de recuperacion del sistema cada X tiempo. Por ultimo solo me quedaria aconsejarte que en el caso de que haya mas gente con acceso a ese ordenador lo restrinjas temporalmente con una contraseña de usuario para que solo puedas acceder tu y observes lo que ocurre, hay que cubrirse por todos los lados.
Un saludo y espero que sirva de ayuda.