Buenas!
En cuanto a la primera pregunta, si el reproductor dvd es apto para reproducir mpeg-4, etc, para que lea peliculas en este formato no tienes mas que grabar aquellos archivos que te interesen en formato datos con cualquier software de grabacion. El reproductor dvd leera este y detectara los archivos que tienes, o en el caso de ser uno, quiza lo reproduzca automaticamente, eso es ya cuestion del modelo etc del reproductor dvd.
En cuanto a la segunda parte de la pregunta, suponiendo que la primera vez que te dices a dvd, estes refiriendote a reproductor dvd, o dvd casero, la estructura de directorios en la que deben estar organizados los ficheros no es ninguna en especial, si grabas como datos, el reproductor dvd deberia reconocerlos sin atender los directorios, en todo caso es siempre mejor (en mi opinion) no estructurar los ficheros en carpetas ( a no ser que sea realmente necesario) por facilitar la labor de lectura.
Por ultimo, el soporte, ya sea cd-rom o dvd-rom es totalmente independiente del formato en el que esten guardados los archivos, es decir, cuando vas a usar archivos codificados, ya sea en divx, xvid, etc, la plataforma sobre la que los escribas (cd o dvd) sera transparente excepto por el tamaño, obviamente. Por tanto archivos codificados en mp4 se pueden grabar perfectamente en un cd-rom y que tu reproductor dvd no tenga mayor problema en detectarlos. Espero haber entendido bien tu pregunta. Un saludo.

Como muy bien dice 6roNin6, tienes que grabar en formato datos.

Si los conviertes a DVD, tendrás un DVD-video que se puede reproducir en todos los reproductores de DVD.

Si los grabas como datos, tendrás un DVD de datos con archivos de video que podrás reproducir en casi todos los reproductores de DVD (menos en algunos de marca como SONY que no reproducen divx o xvid). Por lo tanto, son los reproductores de DVD los que reconocen esos archivos de datos como vídeos, cosa que no podían hacer los reproductores antiguos ni unos pocos (de marca) por no estar preparados para reproducir esos formatos (avi, mp4)

En cuanto a las carpetas, también estoy de acuerdo con 6roNin6, ya que es más fácil acceder a los archivos de video (que no serán muchos) si no están en carpetas.

Otra historia son las fotos. En este caso sí es conveniente grabarlas en carpetas (cumpleaños de ..., fin de semana playa,...) porque se trata de muchos archivos pequeños.

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